اتهامات آقای مظفری در این پرونده «تبلیغ علیه نظام»، «اجتماع و تبانی»، «عضویت در سازمان دانشجویان و دانش اموختگان جبهه ملی ایران»، «توهین به رهبری»، «حمایت از زندانیان سیاسی و خانواده آنها»، «حمایت از مادران پارک لاله» و «استفاده و نگهداری تجهیزات ماهوارهای» عنوان گردیده است.