بخش عظیمی از جامعه اقلیت‌های ایران در سال‌های اخیر به دلایل مختلف اجتماعی، فرهنگی و سیاسی تن به مهاجرت داده‌اند.
نابرابری‌های شدید اجتماعی و قانونی (در ابعاد مختلف از جمله قوانین مجازات، ارث، استخدام و آزادی‌های دینی) میان اکثریت مسلمان و اقلیت‌های دینی زندگی را برای آن‌ها تا حدی سخت کرده است و بسیاری به مهاجرت روی آورده‌اند که در نتیجه، به کوچک‌تر شدن تدریجی جمعیت اقلیت‌ها در ایران منجر شده است.
در این میان، حمایت سازمان‌های بین‌المللی، به‌ویژه سازمان «هایاس»، که در ابتدا فعالیتش محدود بود به کمک به مهاجرت یهودی‌های در خطر به آمریکا و بعد اقلیت‌های دیگر را نیز زیر چتر حمایتی‌اش قرار داد، در کاهش چشمگیر تعداد یهودی‌ها و پس از آن زرتشتی‌ها، آشوری‌ها و دیگر اقلیت‌های ایران نقش بسزایی داشته است. مهاجرت اقلیت‌های دینی ایران در ۴۰ سال اخیر، کوچک شدن جمعیت آن‌ها و در نتیجه، تضعیف سنت و کمرنگ شدن هویت دینی آن‌ها را در پی داشته است. بسیاری از خانواده‌ها به امید شرایط بهتر و برخی نیز برای فرار از اذیت و آزار، وطن خود را ترک می‌کنند. مهاجرت بر زندگی و حیات دینی و اجتماعی اقلیت‌های داخل و خارج از ایران تاثیری انکارناپذیر داشته و وضعیت و جایگاه آنان را از جهات مختلف تغییر داده است.
ازدواج برون‌دینی
مهاجرت بر ازدواج اقلیت‌ها تاثیر زیادی داشته است. ازدواج در جوامع اقلیت‌های آشوری، زرتشتی، یهودی و یارسانی به‌صورت دینی و سنتی درون‌دینی است. اما مهاجرت روزافزون این اقلیت‌ها و کاهش چشمگیر جمعیت آنان در ایران موجب شده است که ازدواج‌های برون‌دینی کم‌کم رواج یابد و در نتیجه، سنت‌های دینی این اقلیت‌ها به‌صورت چشمگیری دچار تضعیف و افول شود.
آشوریهای ایران
مهاجرت شاید بیشترین تاثیر را بر جامعه آشوریهای مسیحی ایران گذاشته است. در چند دهه گذشته، جمعیت آشوریهای اهواز از ۲۰۰ خانواده به حدود ۱۵ خانواده رسیده است، شرایطی که در مواردی ازدواج آشوری با غیر‌آشوری را در پی داشته است.
ماندگاری و ادامه حیات اقلیت آشوری در ایران همواره به هویت مسیحی آنان وابسته بوده که مانند دیواری حایل میان آن‌ها و اکثریت مسلمان عمل کرده است. آشوری‌ها با ضروری دانستن ازدواج درون‌دینی و حفظ رسم و آیین مخصوص به آن توانسته بودند هویت مستقل خود را حفظ کنند. اما مهاجرت و کاهش جمعیت و کم شدن گزینه‌های ازدواج استقلال آن‌ها را تحت تاثیر قرار داده است.
نتیجه قطعی ازدواج‌های خارج از جامعه دینی، با توجه به قوانین ایران مبنی بر ازدواج مسلمان با غیرمسلمان به شرط مسلمان شدن طرف مقابل و عقد شرعی، به طرد فرد از فرهنگ و جامعه و قطع ارتباط خانواده با او منجر می‌شود. مشکلات اقتصادی هم بر رواج ازدواج برون‌دینی آشوری‌ها موثر بوده است، اما مهاجرت اصلی‌ترین دلیل به شمار می‌رود. کم شدن جمعیت در مدارس، کلیساها، جشن‌ها و آیین‌های مذهبی آشوری‌ها موجب شده است که جوانان آماده ازدواج کمتر بتوانند انتخابی از درون جامعه آشوری داشته باشند و در نتیجه، یا مهاجرت می‌کنند یا به دلیل نیازهایشان به ازدواج با غیر‌آشوری‌ها روی می‌آورند. پیامد این ازدواج‌های برون‌دینی تا حدی است که پیش‌بینی می‌شود با این روند، جامعه آشوریهای ایران ظرف ۵۰ سال آینده به‌کلی از بین خواهد رفت.
در مصاحبه‌ای که با یک زن آشوری استاد دانشگاه و ساکن اهواز داشتم، گفت با ترک ایران مشکلی ندارد و اگر جوان‌تر بود، حتما مهاجرت می‌کرد، اما دوست ندارد مهاجرت کند و به دلیل بیکاری با استفاده از مزایای دولتی زندگی کند. یک کشیش آشوری در کلیسای آشوریهای اهواز هم از حضور کمرنگ و جمعیت اندک آشوری‌ها در مراسم مذهبی گلایه می‌کرد و گفت کمبود شغل و مسکن موجب مهاجرت بیشتر آشوری‌ها شده است و نسل جدید هم کمتر به کلیسا می‌آیند. او گفت اکنون تنها ۱۴ پسر آشوری از خانواده‌های آشوری باقی مانده است که در نبود دختران آشوری مناسب سن ازدواج، آن‌ها یا به کشور دیگری می‌روند یا با مسلمان‌ها وصلت می‌کنند. یک کشیش آشوری ساکن تهران نیز جمعیت آشوری‌ها را بیش از ۱۰ هزار نفر عنوان کرد و گفت در تهران فقط یک مدرسه آشوری برای بچه‌ها وجود دارد. اکنون جمعیت بسیار بزرگی از آشوریهای ایران با کمک سازمان هایاس ساکن آمریکا شده‌اند.
یهودی‌های ایرانی
مهاجرت یهودی‌های ایران به آمریکا، اسرائیل و سایر کشورها موج جدیدی از مهاجرت را شکل داد. مساله مهاجرت یهودی‌های ایرانی پیچیدگی‌های زیادی دارد. در مصاحبه‌هایی که با ایرانی‌های یهودی مهاجر داشتم، اغلب آن‌ها از هویت ایرانی خود راضی بودند و مشکلات سیاسی و اقتصادی را دلیل ترک ایران می‌دانستند. رویای بازگشت به سرزمین موعود و هویت اسرائیلی برای خیلی از یهودی‌های ایران عامل تعیین‌کننده‌ای نبوده است و به همین دلیل ترجیح دادند در ایران بمانند و از آداب و فرهنگ خودشان حراست کنند. در میان مهاجران هم بعضی حتی از لحاظ اقتصادی در جامعه جدید، به‌ویژه در اسرائیل که رقابت اقتصادی بالاست، به موقعیت چشمگیری دست نیافته‌اند. برخی از آن‌ها به بازگشت به ایران بی‌علاقه نیستند، اما تحریم‌های بین‌المللی گسترده و چشم‌انداز تاریک اقتصادی مانع این کار می‌شود.
مهاجرت بیشتر یهودی‌ها به آمریکا و اسرائیل موجب ازهم‌پاشیدگی انجمن‌های یهودی ایران شده است و در نبود بودجه و رهبری و امکان‌ناپذیری اداره اماکن یهودی‌ها، این مکان‌ها در اختیار دولت قرار گرفته است و در نتیجه، یهودی‌ها از داشتن مکان‌های مذهبی خود محروم‌اند. برای مثال، هیچ آمار دقیقی از تعداد یهودی‌های کرد ساکن مناطق کردنشین در دست نیست. اما این جمعیتِ تقریبا کمتر از ۲۰۰۰ نفر پراکنده‌اند و متاسفانه، بسیاری از آن‌ها به علت نبودِ کنیسه و همچنین ازدواج با غیر‌یهودی در مناطقی زندگی می‌کنند که موجب دوری و بیگانگی آن‌ها از آداب و رسومشان شده است.
ارامنه، مندایی‌ها و زرتشتی‌ها
در چند دهه اخیر، مندایی‌های ایران در تلاش برای یافتن راه‌هایی بودند تا از تداوم میراث سنتی خود اطمینان حاصل کنند. مهم‌ترین این تلاش‌ها اثبات ماهیت یکتاپرستانه دینشان و در نتیجه، رسمیت یافتن آن به‌عنوان دینی مجزا در قانون اساسی ایران است. در این میان، مهاجرت گسترده باعث شده است جمعیتشان به‌شدت کاهش یابد. یکی از فعالان مندایی گفت جمعیت مندایی‌های اهواز که قبلا حدود ۲۰ هزار نفر بودند اکنون به کمتر از یک سوم این تعداد رسیده است.
بر‌خلاف اکثر اقلیت‌های غیرمسلمان ایران، مندایی‌ها به‌ندرت شاهد ازدواج برون‌دینی بوده‌اند و از این جهت، در معرض خطر نیستند. اما کاهش شدید جمعیت موجب شده است مراسم و آیین‌هایشان با رونق کمتری برگزار شود و تلاش آن‌ها برای رسمیت یافتن دینشان دشوارتر می‌شود. بسیاری از گروه‌های اجتماعی مندایی نظیر گروه منداییان جوان اهواز در اثر مهاجرت به‌کلی از هم پاشیده‌اند.
در این میان، وضعیت ارمنی‌ها در ایران تا حدی متفاوت است. زنی ارمنی ساکن تهران معتقد بود که آن‌ها به‌عنوان یک اقلیت در ایران از حقوق شهروندی‌شان برخوردارند و کسانی که مهاجرت می‌کنند اغلب انگیزه اقتصادی و رفاهی دارند، هرچند بعضی از آن‌ها مانند پسر خودش به دلیل نیافتن کار مناسب و مشکلات مهاجرت به ایران باز‌می‌گردند.
شیب زیاد مهاجرت برای زرتشتی‌های ایران نیز تبدیل به مشکل شده است. مهاجرت جامعه زرتشتی از ایران در دو دوره چشمگیر بوده است. یکی اوایل انقلاب اسلامی که موجی از خانواده‌های متمول زرتشتی را راهی اروپا و آمریکا کرد و دوره دوم از حدود ۳۰ سال پیش شروع شد، وقتی سازمان هایاس، که سابقه طولانی در پذیرش مهاجر‌های یهودی از کشورهای مختلف و انتقال آن‌ها به آمریکا داشت، قبول کرد تا علاوه بر یهودی‌ها، زرتشتی‌ها، مندایی‌ها و مسیحی‌های ایران را نیز زیر چتر حمایتی خود قرار دهد. تعداد بیشماری از خانواده‌های زرتشتی از این طریق مهاجرت کردند، به‌طوری که نام هایاس در جامعه زرتشتی ایران نامی شناخته شده است. یکی از زرتشتی‌های ایرانی که از طریق هایاس به اتریش مهاجرت کرده است گفت حدود بیست سال پیش، خانواده‌هایی که واقعا تحت آزار و اذیت بودند از این طریق مهاجرت می‌کردند، اما اکنون هر زرتشتی که حتی مورد تبعیض واقع نشده هم ممکن است بتواند از این خدمات استفاده کند و ایران را ترک کند؛ چرا که به گفته او، سازمان هایاس در مورد صحت مدارک و دلایل متقاضی‌ها تحقیق دقیقی نمی‌کند. دلایلی که زرتشتی‌ها معمولا برای پرونده مهاجرتشان ذکر می‌کنند عبارت است از نجس شمرده شدن از سوی مسلمان‌ها، آتش‌پرست خوانده شدن، تبعیض‌های شغلی و اقتصادی، آزار دیدن در طول تحصیل و اهانت‌های دینی.