محمد ملکی، فعال سیاسی و اولین رییس دانشگاه تهران پس از انقلاب ۱۳۵۷ در یادداشتی به مناسبت ۱۵ بهمن، سالروز تاسیس دانشگاه تهران، به تندی از عملکرد جمهوری اسلامی در چهل سال گذشته و نیز اعتماد خود به رهبران انقلاب، از جمله آیت الله خمینی انتقاد کرده است.
او در یادداشتی که در اختیار دویچه وله فارسی قرار گرفته، نوشته است:« مردان و زنانی که زخم و داغ شکنجههای ساواک نظام سلطنتی را بر تن داشتند، با امید به فردایی که از خشونت و حذف خبری نباشد، در دل میپنداشتند که با شعار استقلال، آزادی و جمهوری اسلامی و رفتن شاه و آمدن خمینی، “دیو” بیرون خواهد رفت و “فرشته” جای او خواهد نشست.»
به گفته محمد ملکی، «اما هنوز خون مردان و زنانی که به پای انقلاب ریخته شد خشک نشده بود که رویاها فرو ریخت و استبداد سلطنتی تبدیل به خشن ترین استبداد دینی شد؛ در این میان من و امثال من که خود هیمه آور این آتش برافروخته بودیم، سرگردان و درمانده میاندیشیدیم که چرا جلادانی را که به کسوت نجات دهنده درآمده بودند، پیش از آنکه جلادی کنند، نشناختیم!»
او در یادداشت خود افزوده: «این سوال همواره پیش روی نسل ماست که چرا وقتی از اصلاح نظام سلطنتی مایوس شدیم و برای براندازی نظام به پا خاستیم، در انتخاب راه و راهبران آن، همه تابلوهای هشداردهنده را در مسیر خود نادیده گرفتیم و در جاده پرسنگلاخ با ماشین ترمزبریده، خود و دیگر سرنشینان را به قعر دره فرستادیم؟»
محمد ملکی با انتقاد از اینکه “روشنفکران” در دوران انقلاب دوراندیشی لازم را نداشتند، این سوال را مطرح میکند که «ما چگونه روشنفکری بودیم که در ظلمات نادانی به هشدارها بیتوجه ماندیم و به خمینی اعتماد کردیم؟»
محمد ملکی در ابتدای یادداشت خود همچنین با اشاره به تکذیب وجود شکنجه در زندانهای جمهوری اسلامی از سوی مقامات، نوشته است: «من در زندانهای متعدد نظام ولایی قربانی انواع شکنجه – آنچه که شکنجه سیاه و سرخ و سفید نام گرفته – بودهام… آن روزها که من و هزاران انسان مبارز و مجاهد و دگراندیش در زندانهای نظام ولایی شکنجههایی از جمله قپانی شدن، کابل خوردن، لگد خوردن، سر به دیوار کوفتن، فحش شنیدن و دهها شکنجه از این نوع را تحمل میکردیم، صدای کسی از آنها که بعدا مدعی اصلاحطلبی شدند درنیامد و همانها هستند که هنوز هم وقوع شکنجه در چهل سال نظام ولایی را منکر میشوند!»
او در پایان یاددداشت خود نوشته است: «ما خطا کردیم و از همان روزهای آغازین تاوان سختی دادیم. برای جبران آن خطا، من در تمامی این ۴۰ سال از مبارزه با استبداد دینی دست برنداشتم و علیرغم کهولت و بیماری، تا آخرین نفس در کنار تمامی آزادیخواهان ایستادهام. امیدوارم که نسل جدید این بار با چشم باز و با دیدن نشانهها و هشدارها راه درست را انتخاب کند تا یکبار برای همیشه ایران از شر استبداد – در هر شکل و شیوه اش – خلاصی یابد.»
محمد ملکی، فعالیت سیاسی خود را از آغاز دهه سی خورشیدی و در همکاری با نهضت مقاومت ملی و جبهه ملی ایران شروع کرد. او سپس به آیتالله خمینی نزدیک شد و به عنوان رابط او و دانشجویان عمل میکرد. محمد ملکی در جریان انقلاب عضو فعال کمیته استقبال از آیتالله خمینی بود و پس از پیروزی انقلاب، به عنوان اولین رییس دانشگاه تهران مشغول به کار شد.
ملکی در ۱۲ تیرماه ۱۳۶۰ به دلیل مخالفت با انقلاب فرهنگی و تعطیلی دانشگاهها دستگیر شد و ۵ سال را در زندان گذراند. او دو بار دیگر در سالهای ۱۳۷۹ (حدود هفت ماه) و ۱۳۸۸( به مدت بیش از شش ماه) زندانی شد و در حال حاضر ممنوعالخروج است.