آمار دقیقی از جمعیت اقلیت‌های دینی و مذهبی به رسمیت شناخته نشده در قانون اساسی ایران در دست نیست. شهروندانی که هرچند در اعتقادات دینی و مذهبی با هم تفاوت دارند اما می‌گویند که از تبعیض‌ها و مشکلات مشابه رنج می برند و انکار هویت و به رسمیت شناخته نشدن در قانون اساسی را عامل اصلی تبعیض‌ها و رنج‌هایی عنوان می‌کنند که منجر به مهاجرت آنها از ایران می‌شود.
بر اساس قانون اساسی جمهوری اسلامی، “ایرانیان زرتشتی، کلیمی و مسیحی تنها اقلیت‌های دینی شناخته میشوند که در حدود قانون در انجام مراسم دینی خود آزادند و در احوال شخصیه و تعلیمات دینی بر طبق آیین خود عمل می‌کنند.” ایرانیان بهایی، یارسانی و مندائی و دیگر اقلیت‌های دینی، شامل این قانون نمی‌شوند و محرومیت از تحصیل، مصادره اموال، عدم صدور پروانه کسب‌وکار و جلوگیری از استخدام از محدودیت‌هایی است که در ایران با آن مواجه هستند.
حکومت ایران همواره بدرفتاری و تبعیض علیه اقلیت‌های دینی در این کشور را رد می‌کند.
سیمین فهندژ، سخنگوی جامعه جهانی بهائی در مقر سازمان ملل متحد در ژنو می‌گوید: “جمعیت بهاییان در اوایل انقلاب حدودا ۳۵۰ هزار نفر بود اما درحال حاضر هیچ آمار رسمی و دقیقی وجود ندارد. یکسری آمارغیررسمی البته وجود دارد که دقیق نیستند یک گروه هستند که بهایی دنیا آمده‌اند و گروهی هم هستند که در این سالها بهایی شده‌اند ولی چون در ایران نمی‌توانند رسما اعلام کنند که بهایی هستند به همین دلیل آمار گرفتن خیلی سخت است.”
به گفته سیاوش حیاتی، سخنگوی مجمع مشورتی فعالان مدنی یارسان در ایران، آمار رسمی از ایرانیان یارسانی وجود ندارد: “نهادهای رسمی به طور محرمانه یک سری آمار دارند که دقیق نیست به خاطر اینکه کسانی که تحت فشار وادار به نفی هویت میشوند را در زمره آمار قرار نمی‌دهند. آنچه که نهادهای امنیتی به ما می‌گویند این است که شما کمتر از یک میلیون نفر هستید. اما آنچه نهادهای مذهبی ما می‌گویند چیزی حدود دو میلیون نفر توده‌های مختلف اهل حق هستیم.”
ساهی خمیسی، نویسنده، پژوهشگر و عضو سابق انجمن صائبین مندائی هم می‌گوید که “به دلیل مسائل امنیتی و ترس مندائیان هیچ آمار درستی از جمعیت یارسانی‌ها در ایران وجود ندارد. ما سال ۷۵ خواستیم آمار بگیریم و مسول گرفتن آمار من بودم. به تمام شهرها سر زدیم و فقط توانستیم ۶۰ درصد آمار را به دست بیاوریم چون خیلی از خانواده‌ها از ترس فرم‌ها را پس ندادند.”
براساس اصل چهاردهم قانون اساسی “دولت جمهوری اسلامی ایران و مسلمانان موظفند نسبت به افراد غیرمسلمان با اخلاق حسنه و قسط و عدل اسلامی عمل نمایند و حقوق انسانی آنان را رعایت کنند. این اصل در حق کسانی اعتبار دارد که بر ضد اسلام و جمهوری اسلامی ایران توطئه و اقدام نکنند.” در سال ۹۲ سه تن از پیروان دین یارسان به‌خاطر تبعیضی که به پیروان این دین اعمال می‌شود، خودسوزی کردند.
به گفته سیاوش حیاتی، یارسانی‌ها به دلیل به رسمیت شناخته نشدن در قانون اساسی، هیچ جایگاه و منزلت اجتماعی، اداری و سیاسی ندارند و هویت شان انکار می‌شود: “بچه‌های ما مجبور هستند به ریا و تظاهر روی بیاورند تا بتوانند تحصیل کنند یا از حداقل‌ها برخوردار شوند. علت مهاجرت هم مسائل هویتی، اجتماعی، فرهنگی و اقتصادی است. سابقا بچه‌های ما که در نهادهای دولتی و اداری جایی نداشتند می‌رفتند توی رشته‌های فنی مهندسی و کارخانجات و به هرحال فعالیت اقتصادی برای امرار معاش داشتند. بحران‌های اقتصادی اما این امکان را هم محدود کرد. از نظر فرهنگی هم جامعه یارسان با عرف و فقه‌های اسلامی متفاوت است و تحمیل پوششی غیر از پوشش خود ما و گریز از قیدوبندهای اجتماعی باعث گریز و مهاجرت می‌شود.”
آئین یارسان سابقه‌ای بیش از هفتصدساله دارد و پیروانش که به قومیت‌های ترک، کرد و لک تعلق دارند عمدتا در غرب ایران، شرق و شمال عراق و قره باغ قفقاز ساکن‌اند. شمار زیادی از پیروان این آئین هم بر اثر کوچ و مهاجرت در مناطق مختلف ایران پراکنده شده‌اند. آنها آداب و آیین‌های خود را معمولا در خفا به جا می آورند و از فعالیت در امور سیاسی پرهیز می کنند، با این حال شاهد موارد زیادی از فشار و آزار و اذیت اکثرا از جانب مسلمانان تندرو بوده‌اند.
رضا شاه‌مرادی، فعال مدنی یارسانی می‌گوید: “امکان ندارد یک سند در ایران پیدا کنید که کسی نوشته باشد یارسان است. حتی در اسناد ازدواج و یا معاملات ملکی هم ما نمی‌نویسیم. با این همه مخفی‌کاری باز هم فرصت شغلی و تحصیلی به ما داده نمی‌شود. خود من در کنکور شرکت کرده و تربیت معلم قبول شدم با اینکه دین را اسلام نوشته بودم ولی پس از گزینش محلی به دلیل یارسان بودن مرا رد کردند. ما درواقع شخصیت دو گانه‌ای در ایران داریم و همین محدودیت‌ها و انکار هویت ما منجر به مهاجرت‌های گسترده و ریزش جمعیت یارسانی‌ها می‌شود.”
در قوانین جمهوری اسلامی هیچ منعی برای تحصیل یا اشتغال برای اقلیت‌های دینی وجود ندارد و شرط تحصیل و اشتغال، مسلمان بودن نیست. اصل ۲۸ قانون اساسی می‌گوید: “هر کس حق دارد شغلی را که بدان مایل است و مخالف اسلام و مصالح عمومی و حقوق دیگران نیست برگزیند. دولت موظف است با رعایت نیاز جامعه به مشاغل گوناگون، برای همه افراد امکان اشتغال به کار و شرایط مساوی را برای احراز مشاغل ایجاد نماید.”
براساس اصل ۳۰ قانون اساسی هم “دولت موظف است وسایل آموزش و پرورش رایگان را برای همه ملت تا پایان دوره متوسطه فراهم سازد و وسایل تحصیلات عالی را تا سر حد خودکفایی کشور به طور رایگان گسترش دهد.”
ایرانیان مندائی هم همچون یارسانی‌ها ناچار از مخفی نگه داشتن هویت دینی خود میشوند. ساهی خمیسی، نویسنده و پژوهشگر مندانی می‌گوید: “همکیشان ما در نوعی از ترس و واهمه زندگی می‌کنند خیلی‌ها فامیلی‌هایشان را هم عوض کردند که بتوانند کاری دست و پا کنند اما باز نتوانستند و مجبور شدند به شهرهای دیگر و درنهایت به کشورهای دیگر مهاجرت کنند.”
به گفته او، عدم ذکر مندائیان در قانون اساسی منجر به فشار نیروهای امنیتی و حکومت بر مندائیان شده وهمچنین مردمی که تحت تاثیر تبلیغات حکومتی دست به آزار آنها می‌زنند: “ما را هیچ کجا استخدام نمی‌کنند، نمی‌توانیم معلم شویم، نمی‌توانیم حقوق بخوانیم، نمی‌توانیم کارگر شهرداری شویم، نمی‌توانیم سوپرمارکت بزنیم، پزشک ما حق ندارد در بیمارستان کار کند، دیه نداریم و از کل این مملکت، ما فقط یک کارت شناسایی داریم که در آن هم هویت و مندائی بودن ما نفی می‌شود و در چنین شرایطی، ناچار از مهاجرت می‌شویم.”
مندائیان، پیروان حضرت یحیی هستند که در کناره‌های رودخانه‌های دجله، فرات و کارون زندگی می‌کنند.
تبلیغات منفی و ارائه تصویری نادرست از ایرانیان یارسانی، مندانی و بهائی که از سوی حکومت صورت می‌گیرد تصویری غیرحقیقی از آنها در میان دیگر ایرانیان می‌سازد. تصویری که گاها منجر به آزار و اذیت آنها از سوی قشرهایی از مردم هم می‌شود.
تعقیب قضایی و امنیتی، تخریب قبرستان‌های بهایی و عدم اجازه تدفین کسانی که درگذشته‌اند از دیگر تبعیض‌ها علیه بهائیان ایران است که در مهاجرت آنها از ایران نقش دارد. به گفته سخنگوی جامعه بهایی “مهم‌ترین حقی که بهائیان از آن محروم هستند، حق تحصیل است و دومین حقی که محروم هستند، حق اشتغال است. از اول انقلاب کسانی که در وزارتخانه‌های دولتی کار می‌کردند، اخراج شدند و بعد ازآن هم کسی که بهایی است به‌هیچ‌وجه اجازه استخدام در وزارتخانه‌ها و شرکت‌های دولتی را ندارد. شرکت‌های خصوصی هم یا اگر بدانند بهایی است استخدام نمی‌کنند یا اگر استخدام کنند مقامات به آن شرکت‌ها فشار می‌آورند که اخراج کنند. حق فعالیت اقتصادی چه به‌صورت استخدام چه به‌صورت کار آزاد از بهائیان گرفته می‌شود و کسب و کارشان در شهرهای مختلف پلمپ می شود.”